Падеж зависит от того, какая формулировка использована в начале документа. Если дополнительное соглашение заключили..., тогда далее корректно использовать именительный падеж: Колобкова Наталья Михайловна с одной стороны и Носова Марина Сергеевна с другой. Если документ начинается со слов дополнительное соглашение заключено между..., то корректно использовать творительный падеж: Колобковой Натальей Михайловной с одной стороны и Носовой Мариной Сергеевной с другой.
 

Да, склоняется: система, разработанная оружейником С. Крнкой.

Есть, но в других источниках (например, в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко) мужские и женские фамилии и личные имена, оканчивающиеся на -о, -е, даны как несклоняемые. Эта рекомендация представляется более оправданной и логичной: склонять имена типа Марко, Павло, Петро плохо потому, что из косвенных форм невозможно вывести начальную форму имени: у Марка, у Павла, у Петра выглядят как формы имен Марк, Павел, Петр.