В данном случае слово собственно выполняет функцию ограничительной частицы и не выделяется знаками препинания (см. «Справочник по пунктуации»). Следует заметить, что в предложении то же ограничительное значение имеет местоимение самой. Плеоназм желательно устранить, оставив только одно из названных слов.

В этом предложении действительно нужно поставить тире — знак пропуска противительного союза а (см. параграф 31 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Чтобы противопоставление выглядело более четким, рекомендуем немного изменить порядок слов: В случае оплаты по QR-коду вы не увидите в приложении банк получателя — только наименование юридического лица.

Корректно: Я понимаю эти чувства у других, и если не могу одобрять их, то не осуждаю их. 

В пункте 1 параграфа 36.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится: «...запятая ставится только перед союзом и (независимо от того, соединяет ли он однородные члены предложения, самостоятельные предложения или соподчиненные придаточные части), если после придаточной части следует вторая часть двойного союза то, как или но (в этом случае союз и присоединяет целое сложноподчиненное предложение)».