1. Тире в неполных предложениях ставится, если они читаются с паузой, и не ставится, если паузы нет. 2. Тире между подлежащим и сказуемым с числительным, хотя и должно быть поставлено по общему правилу, в специальной литературе часто не ставится.

1. Запятые не нужны, так как союз или соединяет однородные дополнения источником и факторами, а союз либо — однородные придаточные части с грамматическими основами случаи объединены и преемственность имеется. 

2. Запятая нужна, так как части сложносочиненного предложения не имеют объединяющего элемента (общего обстоятельства, придаточной части и т. п.).

3. Обстоятельственные обороты (в том числе с производным предлогом ввиду) в начале предложения не обособляются. Слово скорее здесь составляет часть сопоставительного союза а скорее и не требует выделения запятыми (слово скорее является вводным, если близко по значению к «вернее, лучше сказать» или выражает неуверенность автора в сообщаемом).

Запятую нужно поставить после слова очаговые, чтобы закрыть присоединительную конструкцию, находящуюся между частями словосочетания другие инфекции.