Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.

Правильно: театральное Кемерово. Название этого города — существительное среднего рода. 

Варианты тоннель и туннель равноправны.

Спасибо Вам за внимательность! Увы, эта ошибка перекочевала к нам из "Словаря собственных имен русского языка" Ф. Л. Агеенко. Подумаем, как сделать примечание.