Написание каждого слова названия с большой буквы точно будет ошибкой: в названиях организаций с большой буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные. При этом названия учреждений, учебных заведений и т. п., а также отделов и частей учреждений и организаций, не являющиеся собственными именами, пишутся со строчной буквы, например: отдел кадров, кафедра иностранных языков и др.

Таким образом, выбор должен делаться из орфографически верных вариантов Кружок юных биологов Московского зоопарка (такое написание подчеркнет определенную самостоятельность организации) и кружок юных биологов Московского зоопарка (если кружок мыслится как структурное подразделение в составе Московского зоопарка).

Правильно без запятой.

Слово совсем может употребляться в двух значениях — подчеркивать утверждение и подчеркивать отрицание. Если совсем употребляется в значении 'совершенно, очень', то правильно слитное написание: совсем невысоко (= очень невысоко). Если же совсем употребляется в значении 'отнюдь, никоим образом', правильно раздельное написание: совсем не высоко (= отнюдь не высоко). Окончательное решение принимает автор текста. Написание зависит от контекста и от желания автора подчеркнуть утверждение или отрицание.