Правилам орфографии соответствует первый вариант. Если эта часть текста начинается с красной строки, возможно также написание через точку:
Заключение. Гистологическая картина соответствует плоскоклеточному раку.

Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.

Возможны оба варианта. Скобки позволяют передать «отчужденность» вставки от остального предложения, но не препятствуют и согласованию поясняющих приложений с поясняемым существительным.