Разделительный ъ пишется перед буквами я, ю, ё, е после приставок, оканчивающихся на согласный, в том числе после приставки меж... Орфографически правильно: межъюрисдикционный.

Названия должностей, званий, титулов пишутся строчными. Поэтому в нейтральном употреблении для прописной буквы нет оснований. 

Но вполне можно предположить, что контекст не нейтральный, тогда такой категоричный ответ не подходит. В обращении профессор вместо обращения по имени и отчеству видится намек на какую-то языковую игру или на дружеские взаимоотношения, а в рамках такой игры или в разных стилистических целях прописная буква может быть уместна (например, в шутку подчеркнуть особый высокий смысл, вкладываемый в слово профессор, и т. д.).

В словах, образованных от буквенных аббревиатур с помощью суффиксов, аббревиатурная основа передается только по названиям букв. Орфографически правильно: оэмэсный.