Использование тире в этом случае неудачно, оно делает высказывание аграмматичным: часть амилопласты — запасают углеводы воспринимается как подлежащее и сказуемое и т. д. Сохранить грамматическую корректность высказывания можно с помощью скобок: 

В зависимости от природы накапливающихся веществ лейкопласты подразделяют на:
– амилопласты (запасают углеводы);
– олеопласты (запасают жиры);
– протеинопласты (запасают белки).

Слово например открывает присоединительный оборот, продолжающийся до конца предложения. Перед такими оборотами ставится тире: Важно повышать уровень экологической грамотности, чтобы люди понимали, какими непреднамеренными действиями они могут нанести урон природе — например, строительством дорог, перерезающих естественные экосистемы, неограниченным выпасом скота в лесу, осушением болот и другими способами.

Рекомендуем поставить перед первым тире запятую. Сравним пример с вставной конструкцией, оканчивающейся вопросительным знаком, в справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации»: Называли фамилии мужей и братьев, — живы ли, здоровы ли они? — как будто этот военный мог знать по именам все тысячи рабочих, дравшихся на всех фронтах (А. Т.).