Да, в словосочетании "сырье российского производства" слово "российского" пишется со строчной буквы.  

Тире не ставится из-за вводного слова между подлежащим и сказуемым. Наличие согласованного определения на постановку тире не влияет.

Запятые не нужны.

Запятую надо поставить.

Верно: Главное сырье в пекарне, конечно же, мука.

Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

Не забудьте запятую перед деепричастием "приняв".

В таком случае мы не сможем расплатиться за сырье и энергоносители, и не сможем обеспечить Вам необходимый запас, и вынуждены будем остановить печь.

Предпочтительно не переносить это слово.

Правильно: несоложённое.