Правильно: представить копии документов, подтверждающих... (если речь идет о том, что заявители должны предъявить копии).

Предложение содержит фрагменты, описывающие взаимоисключающие временные отрезки — по отношению к базовой для них точке отсчета (установленному договором сроку передачи застройщиком объекта долевого строительства участнику долевого строительства). Непротиворечивое, однозначное толкование предложения невозможно.

В приведенном примере оборот с сочетанием но не более чем вводит присоединительную конструкцию, которая имеет «характер сведений добавочных, сообщаемых попутно, в дополнение к содержанию основного высказывания» (параграф 84 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Такие конструкции обособляются: Срок освоения субсидии может быть продлен по решению Министерства, но не более чем на 6 месяцев, в порядке, установленном Министерством. 

Добавим, что в данном случае не применимо правило об однородных членах предложения, поскольку здесь сочинительный союз но соединяет сказуемое (может быть продлен) и обстоятельство (не более чем на 6 месяцев).