Ответы справочной службы
Этимология этогг слова вполне прозрачна: Из сам и -гон (гнать), т. е. напиток, который перегоняют самостоятельно. Ср. самовар, самовяз, самокат и др.
Сочетание гонят самогон тавтологично, но не ошибочно, оно зафиксировано словарями русского языка.