Да, парные тире вместо запятых для выделения приложения использовать можно. Тире придают этому приложению особую значимость.

Название документа может заключаться в кавычки.

По правилам перед открывающей скобкой не ставится запятая, точка с запятой, двоеточие, тире. Эти знаки переносятся за закрывающую скобку. Поэтому правильно: Назначить ответственных исполнителей по реализации распоряжения от 10 июня 2024 года № 55 по вопросу утверждения перечня исполнителей, ответственных за выполнение единого плана (далее — распоряжение № 55), согласно приложению к приказу.

Приложение капитан 1 ранга, обозначающее воинское звание, не однородно приложению, обозначающему должность (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), поэтому в предложении не требуются знаки препинания: Начальник АХТО Аркадий Тимофеевич Иванов и начальник отдела военно-политического управления Балтийского флота капитан 1 ранга Артём Валерьевич Петров высказались о важности проводимого мероприятия.

Если сочетание по форме относится к сказуемому направляют, то указанные запятые нужны, чтобы обособить определительный оборот после определяемого слова лиц.