1. Названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы только в текстах официальных документов.

2. Заявлено намерение создать наградной фонд для поощрения ученых. Слово наградной следовало бы написать с прописной буквы, если бы с него начиналось официальное название фонда. Ср.: Указом президента создан Наградной фонд для поощрения ученых.

3. В Москве прошла международная конференция «Чтения имени Галимджана Баруди». В прошлом году чтения были посвящены…

4. Если это официальное название, то правильно: Всемирная ассоциация по сближению… В ассоциацию по сближению входят…

Оба слова можно использовать в данном контексте. Смысловая разница минимальна: полномочный представитель – обладающий полномочиями, уполномоченный представитель – наделенный полномочиями (подразумевается, что над ним есть начальство, наделившее его полномочиями).

С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей и титулов (Президент Российской Федерации, Председатель Правительства Российской Федерации, Генеральный прокурор Российской Федерации, Чрезвычайный и Полномочный Посол и т. п.) в текстах официальных документов, например: Указ Президента Российской Федерации В. В. Путина.

Однако вне такого употребления (например, в тексте газетной статьи) эти слова пишутся со строчной буквы, например: президент России подписал указ, премьер-министр критиковал депутатов, генеральный прокурор выдвинул обвинение и т. п.

Название должности министр пишется со строчной буквы. Такие названия должностей, как генеральный директор, президент компании, начальник отдела и т. п., также пишутся со строчной буквы.

Мягкий знак, действительно, выпадает при образований отчеств от имен, которые оканчиваются на мягкий согласный. Это норма языковая, но не юридическая. Юридических оснований для отказа в постановке мягкого знака в отчестве, насколько нам известно, нет (и приводимые Вами примеры об этом свидетельствуют).

Можно перефразировать: полномочный представитель по продажам.

С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей и титулов (Президент Российской Федерации, Председатель Правительства Российской Федерации, Генеральный прокурор Российской Федерации, Чрезвычайный и Полномочный Посол и т. п.) в текстах официальных документов, например: Указ Президента Российской Федерации Д. А. Медведева.

Однако вне такого употребления (например, в тексте газетной статьи) эти слова пишутся со строчной буквы, например: президент России подписал указ, премьер-министр критиковал депутатов, генеральный прокурор выдвинул обвинение и т. п.

Название должности министр пишется со строчной буквы.

Такие названия должностей, как генеральный директор, президент компании, начальник отдела и т. п., также пишутся со строчной буквы.

Название должности приведено в соответствии со словарем «Прописная или строчная?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова): Генеральный прокурор РФ.