В гражданской дореформенной печати омега не использовалась (она не была включена Петром I в реформированный им алфавит). Поэтому можно говорить только о правилах употребления омеги в нормализованной церковнославянской орфографии. Омега здесь употребляется в греческих заимствованиях в соответствии с греческой омегой (канωнъ), в предлогах и приставках (ω, ωбъ, ωчистити), на конце наречий и некоторых союзов и частиц (ранω, оубω), в окончаниях форм родительного падежа, в том числе для их отличия от омонимичных форм винительного падежа или омонимичных начальных форм (рабωвъ; егω — род. ед., но его — вин. ед.; плωдъ — род. мн., но плодъ — им. ед.), в окончаниях форм дательного множественного для их отличия от форм творительного единственного (оученикωмъ — дат. мн., оученикомъ — тв. ед.) и некоторых других случаях.

Слово членится на морфемы так: от-ступл-ени[й-э] (в более простом варианте: от-ступл-ени-е). О чередовании п // пл см. ответ на вопрос № 325308.

В русском языке распространены чередования согласных в // вл, б // бл, п // пл, м // мл (еще и ф // фл, но это редкое чередование). Эти чередования возникли еще в праславянском языке в результате действия определенных фонетических законов. Тем самым возникли варианты морфем, содержащих на одной ступени чередования согласные в, б, п, м, а на другой — сочетания вл, бл, пл, мл. Звук л входит в таких случаях в состав тех же морфем, что и звуки в, б, п, м. Ср.: лов-и-ть, ловл-я, от-ловл-енн-ый; люб-и-ть, любл-ю, в-любл-енн-ый; за-топ-и-ть, за-топл-ени[й]-е, за-топл-енн-ый; вы-прям-и-ть, вы-прямл-я-ть, вы-прямл-енн-ый.

В слове готовлю действительно корень готовл-. Объяснить это можно так: суффикс -л- практически всегда образует формы прошедшего времени глагола (готовил, ходил, стоял), а готовлю — форма настоящего времени. Исторические чередования бл, вл, мл, пл, фл появились в русском языке в результате сочетаний губных согласных б, в, м, п, ф со звуком j: любить — люблю, ловить — ловлю, ломить — ломлю, лепить — леплю, графить — графлю. 

Нормативны только формы с чередованием п/пл: треплешь, треплет, треплет. Формы типа трепешь словарями трудностей фиксируются как просторечные.