Это абсолютные синонимы.

Слово фактически не требует постановки знаков препинания. 

Слово пожалуйста обособляется.

В примере из справочника мы имеем дело с обособленным обстоятельством.

Обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей с предлогами, обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения. Такое обособление факультативно.

Это же обстоятельство из озорства могло и не обособляться. Тогда вводное слово должно быть выделялось бы запятыми с двух сторон, хотя стало бы неясно, к какому из обстоятельств в предложении оно относится.

В Вашем предложении слова из-за многозначности также могут выступать как обособленное обстоятельство (в том числе со значением присоединения), если это соответствует смыслу предложения и интонации. Но автор текста не стал обосабливать их. Поэтому выделяется только вводное слово вероятно.

Постановка запятых не требуется.

Устойчивое выражение как нельзя лучше не выделяется запятыми: В данном случае как нельзя лучше подходят слова...

Да, слова по оценке, по оценкам (кого-либо, чьим-либо) обособляются как вводные.

Да, слова в сущности выделяются запятыми как вводные: Над ними он, в сущности, потешается.

Это не вводные слова, обособление не требуется.