Оборот с союзом как не выделяется запятыми при передаче значения 'в качестве': Я как бывший директор прекрасно понимаю, какой это тяжелый труд. Но запятые ставятся, если усматривать здесь значение причины (понимаю, потому что был директором): Я, как бывший директор, прекрасно понимаю, какой это тяжелый труд.

Это абсолютные синонимы.

Слово фактически не требует постановки знаков препинания. 

Слово пожалуйста обособляется.

В примере из справочника мы имеем дело с обособленным обстоятельством.

Обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей с предлогами, обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения. Такое обособление факультативно.

Это же обстоятельство из озорства могло и не обособляться. Тогда вводное слово должно быть выделялось бы запятыми с двух сторон, хотя стало бы неясно, к какому из обстоятельств в предложении оно относится.

В Вашем предложении слова из-за многозначности также могут выступать как обособленное обстоятельство (в том числе со значением присоединения), если это соответствует смыслу предложения и интонации. Но автор текста не стал обосабливать их. Поэтому выделяется только вводное слово вероятно.