Ответы справочной службы
В историческом корне слова презирать происходит чередование гласных и нуля звука: -зер-/-зир-/-зор-/-зр- (зеркальный, созерцать, взирать, надзирать, надзиратель, озирать(ся), презирать, взор, обзор, зоркий, зрение, обозрение, подозревать, презрение, прозрачный, невзрачный). Корень -зир- без ударения пишется перед суффиксом -а-.
Справочники
§ 35. Имеются корни, в которых написание букв на месте безударных гласных не соответствует общему правилу, а подчиняется традиции. К ним относятся следующие корни с чередующимися гласными. Корни с буквами а и о. гар — гор. На месте безударного гласного пишется буква о, хотя под ударением — а, напр.: горе´ть, нагоре´ть, угоре´ть, выгора´ть, загоре´лый, погоре´лец, горю´чий; но: гарь, зага´р, нага´
...Особенности написания отдельных корней...
...пережидать, поджидать — ждать, переждать, подождать, жду, пережду, подожду; зажимать, прижимать — жму, сожму, прижму; нажинать, пожинать — жну, нажну, пожну; пожирать, обжираться — жрать, пожрать, обожраться, жру, пожру, обожрётся; запинаться — запнуться, запнусь; взирать, надзирать...