Словари
мегато́нна, -ы
МЕГАТО́ННА, мегато́нны, мн. мегато́нны, мегато́ннам \\ [м’ие]гато́нна и допуст. [м’е]гато́нна; в формах с сочетанием нн перед а, о, у, ы: мегато́нна... – мегато́[нн]а, в беглой речи возможно мегато́[н]а; в форме мегато́нне – мегато́[н’н’]е и мегато́[н’]е; в форме мегато́нн – мегато́[н].
Ответы справочной службы
Это префиксоид. Подробно см. ответ № 179373.
Справочники
§ 65. При соединении основ двух и более слов в одно сложное слово, а также при образовании сложных слов с составными частями интернационального характера используется соединительный гласный, передаваемый на письме буквами о и е. Соединительный гласный передается на письме после твердых парных согласных буквой о, а после мягких парных согласных, шипящих, ц и [j] — буквой е, напр.
...авианесущий), аква- (акванавт, акватехника), мега (мегатонна...
