мегатонна, -ы
МЕГАТОННА, мегатонны, мн. мегатонны, мегатоннам \\ [м’ие]гатонна и допуст. [м’е]гатонна; в формах с сочетанием нн перед а, о, у, ы: мегатонна... – мегато[нн]а, в беглой речи возможно мегато[н]а; в форме мегатонне – мегато[н’н’]е и мегато[н’]е; в форме мегатонн – мегато[н].
Ответы справочной службы
Это префиксоид. Подробно см. ответ № 179373.
Справочники
§ 65. При соединении основ двух и более слов в одно сложное слово, а также при образовании сложных слов с составными частями интернационального характера используется соединительный гласный, передаваемый на письме буквами о и е. Соединительный гласный передается на письме после твердых парных согласных буквой о, а после мягких парных согласных, шипящих, ц и [j] — буквой е, напр.
...Безударные соединительные гласные...
...В конце первых частей сложных слов пишутся также: буквы а и и — в некоторых рядах сложных слов с первыми частями интернационального характера: авиа- (авиабаза, авианосец, авианесущий), аква- (акванавт, акватехника), мега (мегатонна, мегаватт, мегапроект), медиа- (медиакомпания, медиахолдинг...