В этом случае приложение единственного участника ООО «Лютик» предшествует определяемому слову (сочетанию) ООО «Ромашка». Такие приложения отделяются одиночным тире, второе тире при этом опускается (см. примечание 3 к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Определить долю единственного участника ООО «Лютик» — ООО «Ромашка» после распределения в размере 100 % уставного капитала ООО «Лютик».

Правильно: изделия находятся на ответственном хранении в ООО "Лютик". 

Постановка тире уместна. При этом по правилам тире не ставится, если при сказуемом-существительном имеется отрицание (однако в приведенном Вами примере отрицание относится не к сказуемому, а к определению).

Верно:  Единственный участник общества с ограниченной ответственностью "Лютик" - акционерное общество "Семицветик" в лице генерального директора...

Верно: ООО... принимало участие.

Корректная пунктуация: Пользуясь случаем, хотелось бы поблагодарить за профессионализм и эффективное взаимодействие в рамках проекта заказчика — ОАО «Ромашка», а также перевозчиков — ОАО «Лютик» и АО «Василек».

В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду (безотносительно к полу лица): ООО «Лютик», именуемое в дальнейшем «Исполнитель», и индивидуальный предприниматель Иванова Алла Петровна, именуемый в дальнейшем «Заказчик» (согласование: индивидуальный предприниматель... именуемый).

В других формах письменной речи (а не в безликой канцелярской) будет уместен женский род. Например, в газетном тексте: Индивидуальный предприниматель Иванова обратилась в суд с требованием...