В кавычках пишутся только условные названия музеев, которые не сочетаются синтаксически с родовым словом музей, например: музей «Красная Пресня», музей-заповедник «Коломенское». НО: Русский музей, Музей народного ополчения, Музей-квартира Ф. М. Достоевского, Музей часов, музей Прадо.