интрамолекулярный
Справочники
§38. В соответствии с общим правилом (см. § 33) написание букв на месте безударных гласных в приставках (кроме приставки раз-/роз-, см. § 40) устанавливается путем проверки словами и формами с той же приставкой, в которых проверяемый гласный находится под ударением, напр.: безво´льный, безда´рный, беспе´чный, бестолко´вый (ср. бе´здарь, бе´столочь); заморо´зить, занести´, запира´ть, записа´ть (ср. за´
...Безударные гласные в приставках...
...Однако в словах с латинской приставкой интра- (интро-) различаются написания с буквами а и о: ср., напр., интразональный, интрамолекулярный и интроекция, интроскопия, интроверт. § 39. Приставки при- и пре-....