ЕЭ́С, нескл., с. (сокр.: Европейское экономическое сообщество) и ж. (сокр.: Единая энергетическая система)
Ответы справочной службы
В составе буквенных аббревиатур чтение некоторых названий букв может не совпадать с их общепринятыми названиями. По общему правилу буквенные аббревиатуры произносятся по названиям начальных букв слов или частей сложного слова, но есть исключения типа США ([сэ-шэ-а]) или ФРГ ([фэ-эр-гэ]), зафиксированные в словарях. Что касается омофонии (одинакового звучания разных слов типа ЕС и ЕЭС), то она встречается в языке, в том числе и среди аббревиатур.
Лучше оформить так: директору филиала «Северное ПМЭС» ПАО «ФСК ЕЭС».
Указанная запятая нужна.
"Правильного" варианта нет, нужно обратиться в саму организацию с вопросом о предпочтительном (практикуемом) варианте.
В этом предложении не нужны запятые.
