Обозначения званий и чинов не заключаются в кавычки, за исключением случаев, когда они выступают в качестве приложения в именительном падеже к существительному звание (в этом случае обозначение не склоняется и начинается с прописной буквы): Положение о почетном звании «Заслуженный учитель Российской Федерации». Специальные звания, присваиваемые сотрудникам органов внутренних дел, выступают в качестве несогласованного определения в родительном падеже к существительному звание: специальное звание генерал-лейтенанта полиции (см., например, соответствующий указ).

Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям, в Вашем случае — по отношению к почётным званиям. Запятая, указанная в скобках, не нужна.

Правильно: в звании генерал-лейтенанта.