Обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии, находящийся между подлежащим и сказуемым, нужно обособить: В связи с вышеизложенным Ваше обращение, в соответствии с частью 3 статьи 8 Федерального закона от 02.05.2006 № 59-ФЗ «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации», направлено для рассмотрения в Министерство внутренних дел по Республике Башкортостан.

Запятые не нужны.   

Запятая не нужна. Обороты с производными (непервообразными) предлогами, в том числе с предлогом в связи с, в начале предложения обычно не требуют обособления. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».

Запятая нужна. Причастный оборот содержащееся в пункте 2 надо выделить запятыми с обеих сторон.

Деепричастный оборот не обособляется, если выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством. Однако в Вашем случае обстоятельство в связи с вышеизложенным может обособляться. Кроме того, запятая требуется для смыслового выделения достаточно длинного деепричастного оборота. Поэтому мы рекомендуем поставить запятую после слова дисциплины.

Вариант пунктуации: В связи с вышеизложенным и для обеспечения своевременной сдачи двигателей в сборе 21300100026000 (18 шт.) и 21300100026022 (2 шт.) в запасные части по плану июня 2012 года прошу Вас разрешить отпуск данных двигателей со склада 39184 на склад 29582 по ранее существовавшей схеме с регистрацией в ИС «КХП» текущего дня и
ИС «Охрана».

Запятая не ставится.

Запятая не требуется.

Как правило, запятая не нужна.

См. "Справочник по пунктуации".