Ответы справочной службы
Это написание обычно запоминают как исключение. Крыжовник пишется с буквой о, как и другие существительные на -овник, производные от прилагательных с суффиксом -ов- / -ев-, ср. грушовник (от грушевый), борщовник (борщовый) и др. Однако в современном русском языке суффикс в слове крыжовник уже не выделяется.
В словаре В. И. Даля зафиксировано с ударением на втором слоге: борще́вник.
Справочники
§ 17. После ж, ч, ш, щ для передачи ударного гласного э пишется буква е, напр.: жесть, качели, шелест, женьшень, щебет, же (название буквы), на меже, о свече, душе, праще; Женя, Джек, Шеннон. Примечание. О случаях написания после шипящих буквы э см. § 25. § 18. После ж, ч, ш, щ для передачи ударного гласного о пишется буква о или ё. Буква о пишется в следующих случаях. 1. В окончаниях имен существительных и прилагательных, а также в суффиксе наречий о, напр.
...Буквы о, ё, е на месте ударных гласных...
...грушовка и грушовник (ср. грушевый), ножовка (ср. ножевой и вариант ножовый), алычовка (алычовый), гужовка (гужевой), пуншовка (пуншевый), клещовка ‘цапля с клещеобразным клювом’ (клещевой), драчовка (драчовый, от драч ‘род рубанка’), плащовка (плащевой), речовка (речевой), борщовник...
Буквы о, ё, е на месте ударных гласных § 17. После ж, ч, ш, щ для передачи ударного гласного э пишется буква е, напр.: жесть, качели, шелест, женьшень, щебет, же (название буквы), на меже, о свече, душе, праще; Женя, Джек, Шеннон. Примечание О случаях написания после шипящих буквы э см. § 25. § 18. После ж, ч, ш, щ для передачи ударного гласного о пишется буква о или ё. Буква о пишется в следующих случаях. В окончаниях имен ...
...Буквы о, ё, е после шипящих...
...грушовка и грушовник (ср. грушевый), ножовка (ср. ножевой и вариант ножовый), алычовка (алычовый), гужовка (гужевой), пуншовка (пуншевый), клещовка ‘цапля с клещеобразным клювом’ (клещевой), драчовка (драчовый, от драч ‘род рубанка’), плащовка (плащевой), речовка (речевой), борщовник...