Ответы справочной службы
Правильно: на атолле. Ср.: на острове.
Справочники
(Выдержки из ГОСТ Р 7.0.12-2011 СИБИД. Библиографическая запись. Сокращение слов и словосочетаний. Общие требования и правила)
...4. Общие правила сокращения слов и словосочетаний...