Корректно: на Горный Алтай, в район Горного Алтая.  

В таком контексте названия сёл склонять не нужно.

Верно: Фото из поездки в Сибирь и Алтай (если имеется в виду регион) и Фото из поездки в Сибирь и на Алтай (если имееются в виду горы).

Патмос – название греческого острова в Эгейском море, а также острова на реке Катунь в Республике Алтай.

Правилен первый вариант.

Предлог из антонимичен предлогу в, а предлог с – предлогу на. С названиями горных областей употребляется предлог на: на Алтай, на Кавказ, на Урал, поэтому: с Алтая, с Кавказа, с Урала.

Да, Вы написали верно.

Трудности с определением родовой принадлежности возникают у нас только в том случае, если существительное несклоняемое. Не вызывает сомнения принадлежность слова Алтай к мужскому роду: это название склоняется как обычное имя существительное второго (по школьной грамматике) склонения типа чай, сарай и т. п., поэтому мы сразу определяем его как слово мужского рода (род существительного, являющегося родовым понятием, – республика – не имеет в данном случае никакого значения, ср.: Москва – существительное женского рода, хотя город – существительное мужского рода).

А вот в том случае, когда географическое название – несклоняемое существительное, его род (в большинстве случаев) определяется по грамматическому роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. Коми, действительно, существительное женского рода (определяем по слову республика), правильно: Золотая Коми. Ср.: Капри – мужской род (остров),  Дели – мужской род (город), но: Миссури – женский род (река).