Вопрос Как правильно: управление системных проектов или управление системными проектами? Падеж зависимого слова определяется значением слова управление. Если слово управление в значении «регулирование хода, движения, работы чего-нибудь», то зависимое слово в тв. п.: управление чем — управление атомобилем, управление имением; управление системными проектами (регулирование их хода, движения). В этом случае существительное 

...Вопрос Как правильно: управление системных проектов...

...Управление...

ВКЛЮЧАЯ (что), предлог Обороты, присоединяемые предлогом «включая», обычно обособляются. Поэтому можно обречь доверенную по мандату страну оставаться пустыней, можно запретить туда доступ всем, включая научные экспедиции, лишь бы алмазы навсегда остались лежать в песках Берега Скелетов бесполезными сокровищами. И. Ефремов, Лезвие бритвы. Всё имущество, включая мебель, укладывали в ящики и на машинах отвозили в гавань. В. Кожевников, Щит и меч. !

...ВКЛЮЧАЯ (что), предлог Обороты, присоединяемые...

...Включая (что)...