Это слово склоняется.
Безусловно, слова объем и емкость родственные, т. е. исторически восходящие к одному корню с древним значением 'брать'. И разделение основы слова объем на приставку и корень нельзя считать ошибочным. Однако на современном этапе развития языка вывести значение слова объем из корня -ем- как минимум затруднительно. Это дает основание признать, что сращение приставки и корня в одну морфему близко к своему завершению.
Верно: ёмкостей, ёмкостями.
Возможны оба варианта, однако прилагательное катионитовый в сочетании с существительным фильтр чаще употребляется в качестве термина.