В корне неправильно сочетание имеет место быть, встречающееся в Вашем вопросе. Правильно: имеет место. А фраза Договор между ООО «ЭЭ» и ОАО «ПП» подписан вполне корректна.
Буквенные аббревиатуры читаются по названию букв: [эсэсэсэр], [пээмэс], у аббревиатуры ТСЖ закрепилось произношение [тэсэже].
Согласно "Словарю имен собственных" Ф. Л. Агеенко: [фэ-эр-гэ].
О произношении этих аббревиатур см. в «Письмовнике».