Запятая не нужна. Предлог согласно управляет дательным падежом: «Экспертиза документов» согласно договору № 2345.

Существительное экспертиза имеет форму мн. ч.

Это слово не вступает в антонимические отношения с другими словами.

Верно: проведена экспертиза опытного образца № 1 и опытного образца № 2.

Фраза некорректна. Экспертиза – это рассмотрение какого-либо вопроса экспертами для вынесения заключения (медицинская экспертиза, судебная экспертиза, отправить на экспертизу). Вероятно, в приведенном Вами примере экспертиза –  это калька с английского: английское expertise имеет значения 'опыт, знание дела; квалификация; компетентность; умение, мастерство'. Но по-русски так сказать нельзя, в русском языке у слова экспертиза таких значений нет.

Правильно: трасологическая экспертиза, оперативно-разыскные мероприятия.

Для постановки двоеточия нет оснований. 

Основная работа, за которую мне платили деньги, - экспертиза заявок на изобретения - напрямую не касалась моей научной деятельности.

Выбор сочетания зависит от контекста.

У слова экспертиза нет значения «опыт, знания», поэтому такое употребление будет неверным.