Интересует орфоэпия (произношение) или орфография (написание)? Писать правильно: лихорадка Эбола. Произносится это название с ударением на втором слоге.
Если слово Эбола употреблено без родового слова, его нужно склонять: с Эболой шутки плохи. В сочетании с родовым словом не склоняется: о вирусе Эбола, симптомы лихорадки Эбола.
Словари русского языка пока что не фиксируют правильное ударение в этом слове. В английских словарях ударение ставится на второй слог: ЭбОла.
Пишется так: лихорадка Эбола. И название реки, и название болезни - с прописной буквы.