Правильно: стоят.
Согласно толковым словарям русского языка, значение слова штаны шире, чем значение слова брюки. Штаны – одежда, покрывающая нижнюю часть туловища и каждую ногу в отдельности. Брюки – верхняя одежда, покрывающая ноги и нижнюю часть туловища; верхние штаны. Иными словами, не каждые штаны можно назвать брюками.
Запятые в этих фразах не ставятся.
Верно: надеты поверх сапог.
К сожалению, нам такое выражение неизвестно.
Штаны существуют: http://gramota.ru/slovari/dic/?lop=x&bts=x&zar=x&ag=x&ab=x&sin=x&lv=x&az=x&pe=x&word=%F8%F2%E0%ED%FB
Оснований для прописной буквы нет: купить свиток здоровья, надеть штаны странника.
Корректно: По понедельникам он всегда носит штаны с изображением героя "Звездных войн".