Фамилия Шестерня склоняется (и мужская, и женская).
Скорее всего, название связано с числом шесть. К сожалению, пока что убедительной версии, объясняющей происхождение этого слова, нам найти не удалось.
Такое употребление слова шестерня нежелательно.
В слове яблоня перед ня стоит не согласная, а гласная, поэтому в род. п. мн. ч. его основа оканчивается на мягкую согласную.