Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант.
Это название не склоняется.
В постановке кавычек нет необходимости.
К сожалению, полноценных синонимов к этому слову нет.
Да, запятую надо поставить.
Запятые нужны: Данным сотрудникам подойти в штаб, каб. № 2, к специалисту отдела кадров.
Выражение на закуску в переносном значении "в заключение, под конец" зафиксировано в словарях, кавычки не требуются.
Верно: в чем - в свае (им. п. - свая).