Выбор зависит от того, являются ли сметана и лук равноценными и самостоятельными элементами этого вкуса. Если да, то верно: чипсы картофельные со вкусом сметаны и лука. Если же лук добавлен в сметану, скажем, для создания соуса, а потом уже произведены чипсы с добавлением этого соуса, то возможен второй вариант: чипсы картофельные со вкусом сметаны с луком.

Глаголы выпекать и жарить переходные, то есть требуют дополнения в винительном падеже без предлога; в данном случае в роли этого дополнения выступает местоимение которые. Во втором варианте форма винительного падежа этого местоимения совпадает с формой родительного, а такое бывает только в том случае, если оно заменяет одушевленное существительное, что совершенно точно не применимо к чипсам. Следовательно, грамматически  верны только варианты с формой которые — в них винительный падеж совпадает с именительным. Это первый и третий вариант. Первый неудачен стилистически именно из-за совпадения форм падежей: в нем может быть прочитано сообщение о том, что  чипсы что-то выпекают и жарят, то есть являются активным деятелем.

Любое из этих слов-сингулятивов может быть образовано в разговорной речи.