Сравнительный оборот следует обособить: Сегодня все на перемене, как черти, прыгали с перил.
Запятая ставится, поскольку слово черти выступает в качестве приложения.
Верно: он занимался черт-те чем.
Употребление корректно. Такая поговорка действительно существует (нам приходилось слышать ее в таком варианте: являются только черти), этим хотят сказать, что использование глагола являться не всегда может быть уместно. Являться в значении 'быть, представлять собой' широко употребительно в канцелярской, деловой, а также в научной речи, поэтому в живой разговорной речи, при непринужденном общении, употребление этого глагола не всегда оправданно, он может придавать словам говорящего ненужную громоздкость, тяжеловесность, официоз (например, приведенное Вами предложение в живой речи лучше звучало бы так: материал... разработан современными учеными). Но не следует воспринимать эту поговорку как категоричный запрет на употребление глагола являться, всячески избегать этого слова тоже неправильно.
Правильно: чёрт-те (что, какой, где, куда и т. п.). Написание можно проверить в окне «Искать на Грамоте» (набрав черт*).
