Следует склонять только мужскую фамилию.
Если ударение падает на окончание (Черныша, Чернышу...), то форма творительного падежа: Чернышом. Если ударение не падает на окончание (Черныша, Чернышу...), то форма творительного падежа: Чернышем.
Вовсе не обязательно. Место ударения в фамилии определяет ее носитель, поэтому о правильном ударении нужно спрашивать у него. Или справиться в энциклопедии, если сведения о носителе фамилии в ней представлены.