Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа: в городе Великие Луки, в городе Мытищи, в городе Чебоксары. Если слова город нет, название, конечно, склоняется: в Чебоксарах.
Если название Чебоксары употребляется без родового слова, то верно: Чебоксары, Чебоксар, Чебоксарам, Чебоксарами, Чебоксарах. Если назание употребляется со словом город, то обычно не склоняется, например: в городе Чебоксары.
Возможны варианты, например: У нас, в городе Чебоксары, ведутся съемки фильма; У нас, в Чебоксарах, ведутся съемки фильма.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Ср.: в городе Мытищи.