Верно: цирк шапито.
Корректно раздельное написание. Оно соответствует правилу: сочетания с постпозитивным неизменяемым определением, выраженным существительным или прилагательным, пишутся раздельно, напр.: платье мини, юбка макси, кофе глясе, конфеты ассорти, витамины драже, котлеты де-воляй, куры гриль, овощи гриль, суп харчо, стиль либерти, бумага верже, нитки мулине, купальник бикини, шляпа сомбреро, цирк шапито, ресторан бистро, дети индиго, стиль кантри, шоу латино, язык хинди, время пик, час икс, идея фикс.
Верно: приехало шапито.
Эти слова родственные, но не однокоренные.
Из описаний в толковых словарях русского языка следует: от слова цирк (в любом из его значений) образуется прилагательное цирковой. В качестве единственной известной нам цитаты, подтверждающей употребление прилагательного в «лунном» контексте, служит упоминание о дико изуродованных рубцами полуразрушенных цирковых валах в романе С. Павлова «Лунная радуга».
