Лучше: руководить объединенными первым и вторым цехами.
Оба варианта верны.
См. "Справочник по пунктуации".
Предпочтительно слитное написание.
Заяц – пассажир, не имеющий билета. Смысл фразы в том, что за проезд в общественном транспорте надо платить (или, если нет билета, ходить пешком).
Запятые не нужны.