Оба варианта нехороши. Корректно: пройти обследование, проведенное (проводимое) комиссией.
Корректно: состав комиссии.
Терминологическое сочетание невзимание комиссии пишется слитно.
Правилен первый вариант.
Правильно: Подать ходатайство председателю комиссии.
Трудно судить о корректности фразы без контекста. Если от него абстрагироваться - да, такое сочетание может иметь место.
Возможные варианты: рассмотреть на заседании комиссии и рассмотреть комиссией. В первом случае выражается мысль о том, каким образом будет рассматриваться некий вопрос, в во втором — кем будет рассматриваться.