Предпочтительно: ваша скромность и чистота души.
Второй вариант предпочтителен.
В этом случае сочетание: две души. Числительное два (две) требует формы единственного числа родительного падежа, поэтому ударение падает на и: две душИ.
В данном случае как цветок — сравнительный оборот, поэтому запятую ставить нужно.
Правильно: добрейшей души человек.
В специальной литературе применимо аналогичное правило: акация Лорка, орех Онтарио.
Верны оба варианта.