Слово философический употребляется здесь Пушкиным в значении 'располагающий к философствованию, размышлениям'. См. «Словарь языка Пушкина».
В словарях устойчивых выражений сочетание гладкий как зеркало не зафиксировано, и пропускать парные запятые при нём нет оснований. Обособление сочетания как зеркало в приведенном Вами примере необходимо ещё и потому, что без него в предложении возникает сочетание *как зеркало водяную поверхность.
Названия кафедр и факультетов пишутся со строчной буквы, а названия институтов — с прописной.