Запятая не нужна: После генерации ключа и добавления в файл его необходимо установить на WAS.

Запятая не нужна: Начиная с этого момента файл становится шаблоном.

Верен первый вариант.

Если определение при однородных членах постпозитивно (даже при наличии разделительного союза между определяемыми словами), оно ставится в форме множественного числа. Верно: Выберите файл или папку, которые хотите открыть.

Предложение построено неудачно. Возможен вариант: Файл содержит сведения примерно о семидесяти девяти тысячах сделок.

Спасибо, но мы ничего не запрашивали.  

Правила на этот счет не установлены, так что можно писать как прописными (XLS), так и строчными (xls) буквами. Что касается использования точки, то она обычно ставится перед расширением файла для обозначения его типа. Например, полный путь к файлу может выглядеть так: «C:\Users\User\Desktop\файл.xls». В этом случае точка после имени файла и перед расширением (xls) указывает на то, что это файл в формате Excel. Если же вы просто говорите о формате файла, то точку ставить не нужно.

Это разные папки? Тогда корректно употребление слова во мн. ч.

В обоих случаях не требуется постановка запятой.