В большинстве случаев слово одна избыточно. Например, правильно: тысяча девятьсот девяносто девятый год; На Вашем счете тысяча рублей. При этом в финансовых документах при указании сумм слово одна опускать не принято. 

Оба варианта возможны. Тысяча рублей - это и есть "одна тысяча".

Словарная рекомендация: тысяча, -и, тв. тысячей и тысячью, р. мн. тысяч.

Правильно: в тысяча шестьсот шестнадцатом году. В составных порядковых числительных склоняется только последнее слово.

Предпочтительно: тысяча зрителей стала свидетелями. Сказуемое при словах тысяча, миллион, миллиард обычно принимает форму подлежащего (единственное число, женский или мужской род).

Правильно: одна тысяча девятьсот девяносто восемь рублей. Девяноста – форма косвенных падежей:  (нет) девяноста рублей.

Выбор формы зависит от того, сколько тысяч километров уже преодолено. Если одна тысяча, то верно: позади тысяча километров, тысяча километров позади. Если несколько тысяч, то верно: позади тысячи километров, тысячи километров позади.