В этой фразе оборот с союзом КАК тесно связан по смыслу со сказуемым, поэтому запятую, видимо, ставить не нужно (видимо - поскольку у нас нет полного контекста).
Верная пунктуация: С учетом доработок передача данных между системами будет возможна не раньше июля. Мы все в ожидании, будут выходные в мае или нет. Единственное, мне не хватает данных по поставкам для корректного отображения данных. Нам надо понять, как присланный баланс бьется с данными из системы. Мы можем подскакать, как определить остатки по видам транспорта.