Название без родового слова пустошь, по всей видимости, должно склоняться (посреди Коммона), но лучше не убирать родовое слово. Этот географический объект мало известен, и поясняющее слово необходимо, чтобы понять, о чём говорится: посреди пустоши Коммон.
Правильно: в том-то и дело.
Такая расстановка знаков препинания корректна.