В данном случае правильным будет вариант: «организация передала в собственность городскому округу город Тобольск».
Запятая нужна: определения современный (согласованное) и с богатой историей и прекрасным будущим (несогласованное) однородны.
Лучше так: строительство в Тобольске. Написания в г. Тобольске, в городе Тобольске — признак официально-канцелярской речи. Варианты в г. Тобольск, в городе Тобольск не соответствуют литературной норме.