Верно: Ты и без слов знаешь, как мы тебя любим.
Определить падеж можно в контексте: задав вопрос от главного слова; по предлогу и т. д. Например: смотрел на (кого-что?) тебя (винительный падеж); я на пару шагов отошел от (кого-чего?) тебя (родительный падеж).
Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло.
Если авторские слова стоят внутри прямой речи, кавычки ставятся только в начале и в конце прямой речи. Не ставятся кавычки между прямой речью и авторскими словами. Правильно: «Жаль мне тебя, – сказала незажженная свеча своей зажженной подруге. – Короток твой век. Ты все время горишь, и скоро тебя не станет».
Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Корректно: Я обниму тебя, как ты меня, — душою!
В бессоюзном сложном предложении ставится двоеточие, если вторая часть имеет изъяснительное значение (между частями предложения можно вставить слово что): Ты же знаешь: он за тебя жизнь отдаст. Но можно здесь поставить и запятую. Окончательное решение принимает автор текста.
Корректно: Тебя охватывает страх, но, вместо того чтобы через него переступить, ты впадаешь в ступор.
Запятая не нужна, так как перед нами однородные предложения, относящиеся к союзу когда: Когда у тебя нет времени на сон и ты засыпаешь прямо на ходу, [не стоит садиться за руль].
