Склоняются обе части, например: театра-студии, театру-студии, театрами-студиями.
1. Аббревиатура в данном случае заключается в кавычки, так же как нужно было бы заключить в кавычки полное название: театр-студия "КИТ".
2. Нет, не нужно.
3. Формально - не является.